1/512 финала

Ротор - Ротор 1:0
Автодор - Ангушт 1:0
Ставрополь - Динамо Ст 1:0
Октан - Башинформсвязь-Динамо 2:1

1/256 финала

Север - Смена-Зенит 3:2
Псков-747 - Динамо СПб 2:0
Волга Тв - Волочанин-Ратмир 2:1 (доп. вр.)
Зеленоград - Истра 0:1
Торпедо-ЗИЛ - Локомотив-2 1:0 (доп. вр.)
Спартак Кс - Динамо Вг 1:0
Текстильщик - Дмитров 3:0
Елец - Русичи 0:3
Днепр Сп - Авангард П 0:1
Ника - КАИТ-Спорт 6:1
Спартак Тм - Рязань 0:3
Зоркий - Знамя Труда 2:0
ФСА - Факел-Воронеж 1:4
Металлург-Оскол - Локомотив Лс 3:1
Металлург-Енисей - Сибиряк 4:2
Иртыш - Кузбасс 0:1
Энергия - Ротор 0:1
Дагдизель - Астрахань 2:1
СКА Р/Д - Торпедо Арм 1:1 (4:3 пен.)
Таганрог - Батайск-2007 0:3
Абинск - Жемчужина-Сочи 2:5
Краснодар-2000 - Дружба М 4:3 (доп. вр.)
Ставрополь - Автодор 1:0
Машук-КМВ - Кавказтрансгаз-2005 2:0
Волга Ул - Мордовия 2:3 (доп. вр.)
Лада - Сокол 1:1 (2:3 пен.)
Динамо Кир - Химик Дз 1:2
Союз-Газпром - Нефтехимик 3:1
Рубин-2 - Академия 0:0 (4:3 пен.)
Газовик Ор - Тольятти 1:0
Тюмень - Челябинск 0:2
Горняк У - Октан 4:0

1/128 финала

Псков-747 - Север 3:0
Истра - Волга Тв 0:1
Спортакадемклуб - Торпедо-ЗИЛ 1:3
Нара-ШБФР - Спартак Щл 2:0
Шексна - Спартак Кс 0:1
Торпедо Вл - Текстильщик 3:0
Ротор - Дагдизель 2:1
Батайск-2007 - СКА Р/Д 2:2 (4:3 пен.)
Жемчужина-Сочи - Краснодар-2000 1:0
Машук-КМВ - Ставрополь 1:2
Русичи - Динамо Бр 1:0
Авангард П - Ника 1:0
Рязань - Звезда С 1:3
Сатурн-2 - Зоркий 3:1 (доп. вр.)
Факел-Воронеж - Авангард К 1:2
Губкин - Металлург-Оскол 0:1
Амур - Смена 3:1
Кузбасс - Динамо Брл 2:3 (доп вр.)
Металлург-Кузбасс - Металлург-Енисей 1:2
Сахалин Ю-С - Океан 1:0
Сокол - Мордовия 0:2
Химик Дз - Союз-Газпром 3:1
Рубин-2 - Газовик Ор 0:1
Челябинск - Горняк У 2:0

1/64 финала

Волга Тв - Псков-747 1:0 (доп. вр.)
Торпедо-ЗИЛ - Нара-ШБФр 3:0
Спартак Кс - Торпедо Вл 0:1
Батайск-2007 - Ротор 1:2 (доп. вр.)
Жемчужина-Сочи - Ставрополь 4:0
Авангард П - Русичи 3:1
Звезда С - Сатурн-2 0:3
Авангард К - Металлург-Оскол 0:0 (5:4 пен.)
Динамо Брл - Металлург-Енисей 3:0
Амур - Сахалин Ю-С 2:2 (4:3 пен.)
Мордовия - Химик Дз 2:1
Челябинск - Газовик Ор 4:1

1/32 финала

Волга Тв - МВД России 1:0
Торпедо-ЗИЛ - Балтика 0:3
Торпедо Вл - Шинник 1:0
Сатурн-2 - Нижний Новгород 2:3
Авангард К - Витязь 2:0
Авангард П - Металлург Лп 1:0
Краснодар - Черноморец Н 1:0 (доп. вр.)
Ротор - Салют Бл 0:1
Жемчужина-Сочи - Волгарь-Газпром 1:2
Алания - Анжи 3:0
Челябинск - КАМАЗ 2:1
Мордовия - Волга НН 2:1
Носта - Урал 1:2
Динамо Брл - Сибирь 0:2
СКА-Энергия - Чита 1:0
Амур - Луч-Энергия 1:4

1/16 финала

Волга Тв - Рубин 4:3 (доп. вр.)
Балтика - Химки 2:1
Торпедо Вл - Зенит 0:2
Нижний Новгород - Спартак Нч 2:0 (доп. вр.)
Авангард К - Амкар 1:2
Авангард П - Ростов 4:2
Краснодар - Спартак М 1:2
Салют Бл - Москва 0:2
Волгарь-Газпром - Динамо М 2:0
Алания - Томь 1:0
Челябинск - Крылья Советов 2:1
Мордовия - Терек 2:1
Урал - ЦСКА 1:0
Сибирь - Кубань 1:0
СКА-Энергия - Локомотив М 2:1
Луч-Энергия - Сатурн 3:0

1/8 финала

Волга Тв - Балтика 2:2 (4:2 пен.)
Зенит - Нижний Новгород 2:1 (доп. вр.)
Амкар - Авангард П 2:1
Спартак М - Москва 1:2
Алания - Волгарь-Газпром 2:1 (доп. вр.)
Челябинск - Мордовия 0:2
Урал - Сибирь 1:2
Луч-Энергия - СКА-Энергия 2:1 (доп. вр.)

1/4 финала

Зенит - Волга Тв 2:0
Москва - Амкар -:+
Мордовия - Алания 0:3
Сибирь - Луч-Энергия 3:0

1/2 финала

Амкар - Зенит 0:0 (2:4 пен.)
Сибирь - Алания 3:0

Финал

Зенит - Сибирь 1:0